یکی از شبهات مطرح درباب توحید از دیرباز ، شبهه ابن کمونه است . ابن کمونه از شاگردان شیخ اشراق می باشد و قائل به اصالت ماهیت می باشد و با ایراد این شبهه ، بزرگانی بسیاری درصدد جواب به این شبهه برامدند اما با توجه به اینکه بسیاری از اینان تا قبل صدرالمتالیهین با مبنای اصالت ماهیت در مقام پاسخ به این شبهه بودند جواب انان کافی به نظر نمی رسد امام صدرالمتالهین شیرزای با مینای اصالت وجود پاسخ مناسب را به این شبهه داده است.
)